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计算生物学

作者:张岩主编
出版社:科学出版社出版时间:2023-09-01
开本: 26cm 页数: 266页
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计算生物学 版权信息

计算生物学 内容简介

本书是一本专门针对计算生物学领域的系统性教材,通过本教材的学习,可以掌握多种组学数据分析的原理和方法,包括高通量数据分析和单细胞测序数据的分析(**章、第二章)、蛋白质组学及其功能预测(第三章)、计算表观遗传学(第五章)。在计算生物学的多学科应用上,本教材涵盖了分子进化的计算生物学分析(第四章)、计算癌症生物学(第六章)、计算免疫学(第七章)、药物设计的计算方法和应用(第八章)、影像组学与人工智能(第九章)、基因编辑系统的识别与功能分析(第十章)等应用内容,使读者能够掌握常用的基本算法、模型,从广度和深度突出解决生物学领域的计算需求。同时,在第十一章介绍了计算生物学领域的大数据资源及工具。

计算生物学 目录

目录 前言 绪论 1 **节 计算生物学的起源和研究内容 1 第二节 计算生物学的数学、统计学基础2 第三节 计算机科学基础 7 本章小结 15 **章 高通量数据分析 16 **节 基因组组装 16 第二节 基因变异检测 19 第三节 RNA测序分析的基本方法 25 第四节 基因的注释 34 第五节 差异表达基因的筛选 36 第六节 基因功能的富集分析 39 本章小结 44 第二章 单细胞测序数据的分析 46 **节 单细胞测序技术 46 第二节 单细胞转录组数据预处理 52 第三节 单细胞转录组数据分析方法 56 案例分析:单细胞转录组数据聚类分析61 本章小结 62 第三章 蛋白质组学及其功能预测 64 **节 蛋白质组学概述 64 第二节 蛋白质结构预测 70 第三节 蛋白质功能预测 74 案例分析:蛋白质二级结构预测 80 本章小结 83 第四章 分子进化的计算生物学分析 85 **节 分子进化的基本概念 85 第二节 系统发育树的构建 91 第三节 系统发育树的应用 102 案例分析:基于全基因组序列的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)多算法系统发育树分析 104 本章小结 106 第五章 计算表观遗传学 108 **节 基因组的DNA甲基化及数据分析 108 第二节 组蛋白修饰及数据分析 120 本章小结 127 第六章 计算癌症生物学 128 **节 癌症生物标记亚型鉴定方法 128 第二节 癌症预警和风险评估模型 136 第三节 癌症个性化治疗 142 本章小结 145 第七章 计算免疫学 146 **节 计算免疫学概述 146 第二节 肿瘤免疫浸润分析方法 148 第三节 肿瘤抗原鉴定的计算 156 第四节 T细胞受体的分析 164 案例分析:免疫细胞浸润算法工具的实践 167 本章小结 182 第八章 药物设计的计算方法和应用 184 **节 药物性质计算 184 第二节 药物设计方法 191 第三节 精准用药 204 本章小结 206 第九章 影像组学与人工智能 208 **节 影像组学 208 第二节 影像组学的分析方法 213 案例分析:构建卷积神经网络进行图片分类预测 223 本章小结 224 第十章 基因编辑系统的识别与功能分析 226 **节 基因编辑系统概述 226 第二节 基因编辑技术的发展历程 226 第三节 基因编辑工具 229 本章小结 233 第十一章 大数据资源及工具 234 **节 大型测序数据库 234 第二节 数据分析在线资源 250 本章小结 261 主要参考文献 262
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