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生物科学

基因组信息学实践教程

作者：张高川主编

出版社：苏州大学出版社出版时间：2022-09-01

开本： 26cm 页数： 385页

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版权信息
内容简介
目录

基因组信息学实践教程版权信息

ISBN：9787567238664
条形码：9787567238664 ; 978-7-5672-3866-4
装帧：一般胶版纸
册数：暂无
重量：暂无
所属分类：
自然科学
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生物科学

基因组信息学实践教程内容简介

本书主要针对生物信息学专业或方向的本科阶段学生，在基因组信息学教学过程中使用的实践类教程。基因组信息学作为一门新兴交叉学科，国内尚无相关实践教程出版。本书主要围绕基因组测序分析来开展，分成三个部分：基础实践、扩展实践和综合实践；主要内容包括基因组测序模拟、序列组装、全基因组的同源搜索、从头预测和基因结构建模、基于转录组RNASeq数据的基因组注释、启动子等基因组序列特征的分析和预测、基因组数据的可视化，以及多种基因组序列分析软件的对比和综合运用；不仅涉及基因组信息学方面常用数据库的查询和使用，还有常用软件的应用以及编程技能和数据统计方法的综合运用。

基因组信息学实践教程目录

绪论

**篇基础实践
项目1 基因组测序模拟
项目2 序列组装
项目3 基因组注释之同源基因搜索
项目4 基因组注释之从头预测与基因结构建模
项目5 基因组注释之DNA元件预测
项目6 基因组数据可视化

第二篇扩展实践
项目1 高通量测序平台及模拟工具的对比
项目2 基因组序列组装软件的对比
项目3 RNA-Seq数据从头组装软件的对比
项目4 从头计算预测基因软件的比较
项目5 基于转录组数据的新基因和转录变异体的发现
项目6 基因转录调控分析
项目7 基因组测序可视化工具的对比

第三篇综合实践
项目1 基因组测序模拟的编程实现
项目2 同源基因搜索指导的基因结构预测
项目3 基于RNA-Seq数据的基因组注释
项目4 基于多重数据源的基因结构特征训练和应用
项目5 基因结构特征模型参数的编程实践
项目6 多重证据联合的基因结构建模
项目7 转录因子调控机制分析
其他综合实践设想

第四篇常用软件使用手册
1．ART
2．Augustus
3．BamTools
4．BCFtools
5．bedtools
6．Bowtie2
7．FastQC
8．GFF格式处理工具
9．NCBI BLAST
10．NCBI SRA Toolkit
11．QUAST
12．Samtools
13．SOAPdenovo
14．Trimmomatic
15．Trinity
16．文件格式转换工具

附录
附录1 基因组坐标体系
附录2 常用数据格式

参考文献

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