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基于高通量测序的基因组分析 版权信息
- ISBN:9787030721488
- 条形码:9787030721488 ; 978-7-03-072148-8
- 装帧:一般胶版纸
- 册数:暂无
- 重量:暂无
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基于高通量测序的基因组分析 本书特色
书中没有复杂的程序代码,不需要编程语言基础,浅显易懂,具有很强的实践操作性
基于高通量测序的基因组分析 内容简介
高通量测序已成为生物学研究的重要手段,在生物多样性、物种种质资源开发利用和生物医药领域都发挥了很好重要的作用,因此,如何处理和分析高通量测序数据成为生物学研究的推荐技能之一。本书以高通量测序数据在基因组分析中的运用为例,采用分步讲解的方式,图文并茂地介绍了高通量测序数据的基本格式,利用高通量测序数据开展分析的流程、相关程序,程序执行过程及其分析注意事项。同时,对于数据分析运算中的一些中间结果,作者提供了自己编写的程序,以利于获得*终结果。书中提供了Linux操作系统安装方法,并基于Linux语言命令介绍了高通量测序数据处理过程,其中没有复杂的程序代码,不需要编程语言基础,浅显易懂,具有很强的实践操作性。 本书可供基因组学、生物信息学、遗传学、生态学及相关领域的高校师生和科研人员阅读参考。
基于高通量测序的基因组分析 目录
**章 Linux系统安装 1
第二章 Linux基本命令 6
第三章 高通量测序数据的常见格式 12
第四章 基因组组装 15
**节 基因组大小估测 15
第二节 基于PacBio HiFi模式测序数据的基因组组装 21
第三节 基于PacBio CLR模式测序数据的基因组组装 27
第四节 基于Nanopore测序数据的基因组组装 30
第五节 去除基因组中的冗余序列 37
第六节 Hi-C组装 47
第五章 重复序列查找 66
第六章 基因预测 72
第七章 基因家族扩张和收缩 82
第八章 物种历史动态 100
第九章 群体重测序个体的SNP查找 110
第十章 遗传多样性参数计算 124
第十一章 受选择作用的SNP位点 129
**节 PCAdapt分析 129
第二节 BayPass分析 135
第三节 合并PCAdapt和BayPass结果 140
第十二章 遗传结构分析 144
**节 PCA分析 144
第二节 Admixture分析 146
基于高通量测序的基因组分析 节选
**章Linux系统安装 Linux系统很多,我使用的是Ubuntu Linux系统,可以从网站下载。这个Linux系统已经提前安装了多类编译程序,省去很多烦琐的安装过程。登录到网站界面后,下载其中的“osgeolive-13.0-amd64.iso”文件(图1),这是Linux单机版本。如果想安装虚拟机版本,可下载“osgeolive-13.0-amd64.vmdk.7z”文件。本书介绍的是单机版本的安装。 图1“OSGeoLive-13.0”版本Linux系统下载 准备一个容量大于8Gb的空U盘,利用Rufus工具把下载的“osgeolive-13.0-amd64.iso”写入到U盘中,做成U盘启动盘(图2~图8)。请注意,这些是在Windows操作系统下完成的。 图2Linux系统安装 图3利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—1图中数字1、2、3代表选择或执行步骤。如后图中出现类似数字,意思相同,不再提示 图4利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—2 图5利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—3 图6利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—4 图7利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—5 图8利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—6 安装完成后,重新从U盘启动计算机。需要注意的是启动U盘时,不要选择UEFI模式启动。如图9所示,我的U盘名字是“AIMass Storage”(读者的U盘和我的名字会不同),在选择U盘启动时,不要选择“UEFI:AIMass Storage,Partition1”模式,因为安装过程可能报错。成功启动后,会出现对话框询问安装的语言,利用键盘的上下左右键进行选择,读者可按照自己的要求选择语言;之后出现对话框询问是否安装Lubuntu系统,选择“安装Lubuntu”;然后出现选择语言和键盘布局的界面;此后出现“更新和其他软件”对话框,选择“正常安装”、“安装OSGeoLive时下载更新”和“为图形或无线硬件,以及其他媒体格式安装第三方软件”;出现“安装类型”,选择“清除整个磁盘并安装OSGeolive”;*后出现对话框,点击“选择磁盘”,移动上下键,选择合适的磁盘进行Linux系统的安装,注意这一安装过程会删除被安装磁盘内的文件,所以务必选择正确的磁盘并做好备份。建议买一个容量大一些的硬盘用于系统安装。之后按照提示继续下面的安装操作,包括输入用户名和密码,这里不再一一细述。 图9安装Linux系统的U盘启动 在本书撰写期间,OSGeoLive版本更新到了14.0,读者可以下载该版本进行安装,安装过程大致和13.0版本相同。步骤如下:首先选择“中文(简体)”后回车;出现下一个界面时选择“StartOSGeoLive”,回车;出现OSGeoLive-14.0的操作界面(类似Windows操作界面),选择里面标有“InstallOSGeoLive14.0”的图标;之后出现选择安装字体的选项,可选择中文,然后点击“下一步”,选择时区,可选择“Asia”和“Shanghai”等,点击“下一步”,选择键盘语言,点击“下一步”,选择正确的磁盘,再选择“抹除磁盘”的选项,之后的安装按照提示 进行就可以。 第二章Linux基本命令 Linux常用命令包括:cd、ls、cat、paste、cut、grep、sort、uniq、sed、head、tail。现以“OSGeoLive-13.0”版本界面为例(图10),“OSGeoLive-14.0”版本和“OSGeoLive-13.0”版本界面基本一致(图11)。 安装完成后,就可以启动进入Linux界面(图10),基本和Windows界面一致。打开文件夹界面后(图12),如果觉得小图标界面不合适,对于“OSGeoLive-13.0”版本,可依次点击文件夹界面中的“视图”、“文件夹查看方式”和“紧缩视图”;对于“OSGeoLive-14.0”版本,可依次点击“查看”、“查看”和“列表视图”,就可以得到列表视图。文件夹的*大化、*小化,文件的操作,包括文件复制、粘贴等和Windows一致,不再赘述。 图10“OSGeoLive-13.0”版本Linux启动后界面
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